Fugindo pelo espaço para escapar de seu moribundo mundo natal, os ThunderCats foram atacados no caminho por seus inimigos mortais, os Mutantes de Plun-Darr. Depois de desviarem a sua nau capitânia danificada para um planeta chamado Terceira Terra, os ThunderCats sobreviventes esforçam-se agora por reconstruir a sua sociedade em harmonia com os nativos do novo mundo. Mas os Mutantes, determinados a possuir a joia mística dos ThunderCats, o Olho de Thundera, os rastrearam - e também forjaram uma aliança com Mumm-Ra, o sacerdote demoníaco do Terceiro Mundo!

Agora os ThunderCats, liderados por um inexperiente Lion-O, devem unir-se como nunca antes para proteger o seu legado deste inimigo combinado. Mas serão eles capazes de resistir ao ataque de Mumm-Ra, o Eterno-Vivo, quando ele colocar os olhos sobre eles?