Sonic the Hedgehog segue as façanhas de um grupo de rebeldes que lutam pela liberdade enquanto lutam contra a ditadura do Dr. Eggman. Dr. Eggman não quer nada menos do que a dominação planetária total, através de um processo conhecido como "robotização" - o ato de transformar uma criatura viva em um escravo frio e robótico. No centro dessa luta estão sete misteriosas "Esmeraldas do Caos" que irradiam uma energia estranha e sobrenatural.