Quando Donatello procura um novo mentor para ajudá-lo a melhorar suas habilidades de luta, ele abre uma porta para outra realidade, na esperança de invocar o antigo aliado das Tartarugas, Batman. Mas, em vez disso, ele é enviado para Gotham City e outra pessoa entra pelo portal aberto - Bane! De repente, há um novo chefe de gangue em Nova York e ele quer unir todos os outros bandidos sob seu comando. Donnie pode voltar no tempo e trazer Batman com ele para ajudar seus irmãos antes que Bane cause uma destruição irreparável?