A série mostra as Tartarugas Ninja perseguindo o gênio ciborgue maligno Dr. OndeQuando através de um portal do tempo e emergindo no Japão feudal, onde encontram Miyamoto Usagi 20 anos no futuro do samurai. No entanto, décadas se passaram desde que o Dr. OndeQuando chegou, e ele construiu para si um feudo com robôs samurais mecanizados. Ele pretende expandir seu domínio conquistando as linhas do tempo passadas e atuais.